引用：どのように破綻しているのでしょうか?
Boneを編集する際に(Edit mode)親Boneに対してRollをリセットしていないとか?
子供は親の座標系で動くのでBone Rollを親に対してリセットしておかないと後々変な挙動をすることがあります。
Armature modifierを設定したMeshが勝手に変に破綻する事はあまりないように思いますが・・・。
勿論、有り得ない方向に曲げるとかすれば別ですが・・・。
間接部のMeshの構成によっても破綻を防げる事もあります。
BoneにLimit系のconstraintを設定して回転を抑止するとかの方法もあります。
しかし、これは抑止なので弊害になる可能性も含まれています。設定によっては意図した方向に動かないとか・・・。
constraintを設定する場合、一つの目的のために補助となるconstraintを設定する場合もあります。
方向性を決めるconstraintに対して、捻りを補正するためのconstraintを追加するなどです。
状況に合わせていろいろあると思うので試すのがいいと思いますが・・。

引用：これはMeshを修正しているということなのでしょうか?
単にキーフレーム間のBoneの調整という意味でしょうか?