割り込み失礼します・・・
Blenderの中でのApplyは処理を確定することになります。
確定すると、その時点からModifierから削除されます。
実際に動作するときにはModifierの全てが適用されるので
一々Applyしなくても問題ないです。
Applyしないで残しておくのは、Modifierの前段の処理が柔軟にされるようにという意味だと思います。
Modifierの効果が視認できるようにするボタンがModifierに付随しているものもあるので
必要があれば、それを設定して確認できます。

私の場合は、普段はModifierにままで保存しておいて、最終出力がほしい時に
ModifierのApplyを押下して、使用したりしています。
ものによっては、Modifierの適用を随時してもいいものもあるかと思うので
その点は各自の判断ですね。