2.はモディファイアでの設定ですので、元のモデルの形状を変更する事なく、見た目の形状をシンプル化出来ます。

3. の状態は、実際に元のモデルを変形するため、元の形状を保持していません。

uv マッピングなどでは、最終レンダリングはApply した3. の状態にする必要がありますが、そうで無い場合には、2. の状態のまま必要な形状が得られる適切なratio を設定する事で、計算負荷を下げてレンダリングを行う事が可能です（カメラから遠くにある複雑なモデルはratio を下げるなど）。

3ds へのエクスポートの仕様は、頂点数などをみた感じでは、モディファイアApply 後のデータをエクスポートしているような気がします。

というので回答になっているのかな？