yamyamさん、ありがとございます。
よく調べないで「バグかもしれません」とか書いてしまってすみませんでした。
キャラクターのモディファイアの関係でこういうことが起こるというのは、ちょっと気がつきませんでした。

「本題のほう」が解決できているといいのですが...。

※追記
サンプルのページに追加された注釈で「2.46以降で」正常に動作しないとなっていますが、私が試した範囲では2.46と2.47では正常に動作しているようです。
ManCandyの「Modifier」パネルを見てみると、これらのバージョンでは「Fluidsim」のモディファイアが作成されていません。
クロスやソフトボディーは2.46からモディファイアが作成されるようになっていますが、Fluidのモディファイアは2.47までは作成されないままになっていたようです。