もう解決しているかもしれませんが。

添付されているファイルの内容のままで
ミラーしようとすると、変形の中心点が自分自身（bone.L）なので
bone.Lを中心にbone.Lを反転させようとしている事になるので
うまくいきません。
3Dカーソルもbone.Lにあるので同じ結果になります。

この場合中心にするmainの位置にSnap(Shift+S)cursor->Selectionで
3Dカーソルを持っていき
変形の中心を3Dカーソルにすれば希望の位置に反転します。
今回の内容の場合、Xが中心にしたい所ならYZはどこでもOKです。

が、このままbone.Lを反転させても.Rは増えませんので
Shift+Dで複製し、出てきたbone.L.001を反転させて、
この名前のままFlip Left-Right Namesをするとbone.Rになります。
名前を.L.Rや_L_Rと揃えてからX-Axis Mirrorで編集すれば
片側の編集が両方に反映されます。

自分もまだまだ初心者ですが
3Dカーソルの扱いはポイントの一つっぽいです。