3次元ペイントについての質問です。バージョン2.71
このイカに3次元ペイントで、目を描いていたのですが完成してシェーディングのレンダーをしたら添付画像のように背景と同じ色（透明？）になってしまいました。
理想は、3次元ペイントで描いたイカの目をそのままレンダリングされても写るようにしたかったのですが原因がわかりません。どうすれば理想のようになりますか？

その画像だけでは情報が足りません。
一番いいのはその.blendファイルを添付する事です。

右のイカの下の方に何やら模様があるのは、書かれた目ではないのですか?
UVマッピングは適切にされましたか?

もし、その.blendファイルを添付されるのであれば使用したイメージファイルを同梱するか、イメージファイルを.blendファイルにpackしてから添付する事を勧めます。
どのように生成されたイメージデータなのか、どのようにマップされているのかが判断出来なければ明確な回答には至らないと思います。
幾つかの可能性が提示されるだけでいいのでしたら、そのままの質問でも構いませんが・・・。

出来れば投稿タイトルに質問内容が分かるようなタイトルを付けてくださると同じような事で悩んでいる方にも役立ちますので、以後検討ください。

イカのデータの入ったBlenderのファイルとイメージファイルを添付しました...。
https://www.youtube.com/watch?v=vRPTDPVvWB8　
この動画を見てそのままを真似しただけで一つ一つの動作の意味も分からないので、何がどうなっているのかまったく理解できません。助けてください...。
:download:.zip

いろいろと試行錯誤している跡が見られますが・・・。
回答に示されていた動画にはイカが出ないようなので全ては見ていません。
(どうも試行錯誤しながらの動画のようなので・・・)
幾つか画像に注釈を入れましたので、参考にどうぞ。
また、動画を参照する際に個々の操作の意味を知らずに製作したと書かれていましたが
なるべく公式マニュアル(最新版は英語版)又は2.6xの日本語マニュアルを調べながら見た方がいいと思います。
2.6xの日本語マニュアル
紹介セクションの中にダウンロード可能なPDF版の紹介もあると思います。


"テクスチャ"セクションの"マッピング"を参考に・・・。

"マテリアル"セクションを参考に・・・。

目玉が映るように修正しただけの.blendファイルです。
:download:A_IKA_3D.blend

ダイレクトにTexture PaintするとMaterialの設定はしてくれますが、UVマッピングが不完全なままです。
該当Meshを選択してEdit-modeに入り、生成した画像を選択して処理を完了した方が良い。

わざわざお忙しい中ご丁寧にお答えくださって本当にありがとうございます；；