先日は初歩的な質問に答えてくださり、ありがとうございました。
今回は、重なった面同士を結合する際にいい手順を教えていただきたいと思います。

たとえば、添付した画像ですと、四角のメッシュが2つあり、
それを重ねあわせて、片方の角度を変えてあるだけなのですが、
この場合に面どうしが触れ合っている点をで結合することは可能なのでしょうか？
複雑なモデリングをする場合、近い点同士の結合だと、微調整が難しく、
なおかつ点の数の違いなどがあるので、結合したい面同士をかさねあわせて、
結合できたらと思ったのですが、自分で調べられる範囲ではわかりませんでした。

この辺でしょうか？

http://wiki.blender.org/index.php/Doc:JA/2.6/Manual/Modifiers/Mesh/Booleans

質問の意図がよくわからないので、こちらの推測で書きます。
前提条件として、別々のObjectのPlaneが質問にあるような状態である。

ケース１)
これを1つのObjectとしたい。
方法)
Joinすればひとつになる。

ケース2)
ケース1に加えて、2つのMeshが接する部分に新たなEdgeを作成したい。
方法)
それぞれのMeshにBoolean Modifierで接する箇所にEdgeを作成し、それぞれを選択してJoinする。
Joinした時点で接合部分は統合されていると思いますが、統合されていなければ好きな方法でマージする。

すいません、上記の赤色の記述はイレギュラーな使用方法なので不適切な説明です。
Boolean Modifierは面がループ、つまり閉じたオブジェクトを想定して作成されています。
上記のような面が開いた状態のものに対する動作は保障されていません。
上記の方法で行うとFACE LOOP ERRORというエラーメッセージがコンソールに表示されます。
従って、下記の方法２を使用するのが問題が発生しない方法です。

方法2)
多少位置ずれが発生しても気にしない、又は別途調整する場合は最初にJoinして
双方のMeshでLoop CutしてEdgeを作成し、位置を固定したい方のVertexに他方の該当するVertexをマージする。

他にもいろいろとあるとは思いますが・・・

ついでに、Vertexを整列させる方法も書いておきます。
位置調整が微妙とか質問に書いてあったので、余計な事かも知れませんが念の為に。

整列させたいVertexを全て選択した状態で、Sキーを押下、整列させたい軸のキーを押下(XorYorZ)、0(ゼロ)を押下。
これで、選択されたVertexが指定した軸に対して整列します。その軸の整列される位置は全ての選択したVertexのその軸の平均値だと思う。

自分がしている方法を
1.2つのplaneが同じobject内に存在していることが前提です。
2.オレンジで囲った2つの頂点をそれぞれ含む三角形を適当に作ります(knife toolを使うためだけに作っているので本当に適当でいいです)
3.図2の青色の矢印の方向にviewportを向ける。
4.knife tool(キーボードのK)でオレンジで囲った頂点を選択してEnter。頂点に近づくとマーカーが表示されるのでそれが表示されている時に選択すると綺麗にカット出来ます。
5.青で囲った所に頂点が追加されていると思います。ただしまだ2つのplaneは繋がっていないのでDelete->Only Edges & Facesをした後頂点を結んで面を貼る必要があります。
6.2で作った三角形を削除して、面を貼った後。2つのplaneがひとつになっています。

上手く説明できない…わかりにくくてすいません…

こんなアドオンあるけど、どうでしょう？
一言で言うと、交点にVertexとEdgeを追加。後は自分でつなげる。
詳細は以下のサイトで。

Addon名:Intersection
http://airplanes3d.net/scripts-253_e.xml

御返事遅くなってごめんなさい。
皆様の解答をみつつ、無事に思い通りのことをすることができました。
ありがとうございました。