具体的には
透明部分と不透明部分があるテクスチャを貼り付けた一枚ポリがあるとして
不透明部分だけが残るように変形
又は削除、又は分割などをさせることは可能でしょうか？
また、可能な場合はどのようなツールを使えばよろしいでしょうか。

なお、alpha値では無理でもbmp値で可能だったり似たようなアプローチが出来る情報がありましたら是非知りたいです。
宜しくお願い致します。

現在Ver2.48aを使用しております。

lendさん、はじめまして。

blenderに輪郭抽出させて、任意のポリゴンとして切り出せないか、ということですか?

先に他ソフトで輪郭抽出、SVG出力→Blenderに読み込んでポリゴン化、ではダメ?
http://www.blendernation.com/2008/03/06/auto-tracing/

まんだ様、ご回答ありがとうございます。

実は二つの問題を同時に解決できそうだと考え、ひとつの質問にして記載しておりました。
私の1回目の質問だけでは十分ではないと思ったので、追記させていただきます。

具体的には「ivy_generator」というソフトを使用して自動的に「つた」を生やそうと試みたのですが、葉っぱの部分がアルファチャンネルテクスチャを利用したモデリングとなっています。
シェーダの兼ね合いからアルファを用いない形状データとして作成しなおしたいと言うのが上に挙がったひとつの問題です。

ご提示していただいた方法でもう片方の目的の操作は実装できそうです。（自身で作成したテクスチャの形状を利用してモデリングしたいという内容）ありがとうございます。

もし前者の方の解決方法もご存知であれば、ご教授いただければ幸いです。
何卒よろしくお願いします。

基本的には Mesh を細かく分割し、ディスプレイスメントマッピングすすればいいのではないでしょうか。

ボタンウィンドウのEditingコンテクスト([F9])にある Modifier パネルに Displace モディファイアを追加し、Texture フィールドに Textureデータ名を入力して下さい。3Dウィンドウにリアルタイムで表示されます。

もし形状をそのままフリーズしたいなら、後者のモディファイアを使用する方法にし、モディファイア上の[Apply]ボタンを押して下さい。

もし綺麗にしたいのであれば、まんださんの方法で型抜きした Mesh を Extrude して厚みをつけ、平面のメッシュと Boolean ツール(ObjectModeで[W]キー)もしくは Boolean モディファイアで合成するのもいいと思います。

葉っぱの部分をすべて別(モデリングした葉っぱ)に置き換えたいってことですよね？(Alphaの使えないレンダーとかだと四角のままだから？)
生成された葉っぱをそれぞれ別オブジェクトにして置き換えるには？
http://blender.jp/modules/xfsection/article.php?page=1&articleid=252
あれ全部手作業はきついですよね。一気にって考えたいとことですね。

もっと良い機能とか、スクリプトがある気がしますが･･･
パーティクルでそれっぽく見せるとか？

お役に立てず