データ構造を調べた方が理解し易いとは思いますが・・・。
どこかで纏まって記述されている所を知りません。(公式のscriptsマニュアルぐらいかも・・・)
AddOnのmeasure panelのスクリプトが参考になるとは思います・・。

objectは親子関係が設定されることもありますので・・。
基本的には親の座標系で記録されます。
objectはorigin位置を原点としています。
その座標系にvertexは存在します。
そのobjectが別のobjectの子であれば、そのobjectのoriginは親objectの座標系内にあります。
(ひょっとすると厳密には表現が違うかもしれませんが・・・・)
こうすれば親が動いても子の座標はいじらなくても計算できます。(Matrixは変わる可能性はありますが・・)

単にvertexのglobal座標が欲しいのであれば
objectのmatrix_worldにvertexの座標を掛ければ変換されます。

例えば
op = D.objects["Plane"]
mo = D.meshes[op.name]
とした場合
mo.vertices[0].coのglobal座標は
op.matrix_world * mo.vertices[0].coで計算できます。

matrixなので、移動、回転、拡大縮小も計算されています。
別途matrix関係等をいじるのであればmathutilsを調べることを勧めます。

蛇足ですが、座標変換なら最初の回答で提示したBlender PythonのTipsサイトで紹介されていると思いましたが・・・
なければ失礼・・・。