>要はメッシュの画面クリッピングの判定が変形後ではなく、Rest Positionで行われてしまっているということですね。
現状のBGEの仕様ということですよね?

簡単にしようとすると、本来rest positionのままカメラビューに存在していれば一致していた物が
別フレームから始まっているので実態と一致しないので、開始フレームの位置にvertex構成のmeshを作成して
該当するobjectにjoinしてしまえばいいと・・・。
差分を埋めてしまえばいいということですよね・・・。

こんな感じになりました・・。
(あくまで、確認用のファイルでですが・・・)
:download:SampleDisappearObject_OtherAnswer.blend

作っている物は全く別ですが・・・
XYZ軸回転、2D移動、ズームするカメラになります・・。

編集
取り合えず上記方法で作っていた物は動作しました。
有難う御座いました。