Blenderで作業を最初からやり直す場合はBlenderを立ち上げ直す、またはFileメニューからNew(Ctrl+N)を選択してください。
新規作成することでStartUpFileが読み込まれます。

RigifyはGenerate実行時にスクリプトを自動実行しているようです。
なので、User Pref内のFileタブにあるAuto ExecutionのAuto Run Python Scriptsのチェックボックスにチェックを入れる必要があります。
これがチェックされていないと日本語環境のOSではコンソールにエラーが出力されているはずです。
この場合正常にRigが生成されていないと思います。

個人的な感想としては使い慣れた人が度々Rigを作成する手間を省くためのツールという感じに思えます。
以下は個人的な意見なので別の感想を持たれている方はいると思います。
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そのRigを使いこなすには構造を理解しなければ修正が面倒。
余計なパーツが多すぎる。
汎用性に欠ける、結局いじらなければならない。
等々・・・感じた感想です。
Armatureの基礎が分かっていないと結局は躓くと思います。
他の要因も含んでいるAddonなので他の理解も進んでいないと厳しいかなと思いました。
私は使いたいとは思いません。
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お二人の書き込みを見て質問内容とは異なりますが別の話も書きます。
Blender内でMaterialやTextureを作成したけど不要になったものはShiftキーを押しながら横にあるXボタンを押して削除することを勧めます。
どうしてかについては、以下のページを参照してください。

公式サイトOnline manual(Eng)

該当ページのNew Material Panel Buttonsの項目及びDeleting a Materialの項目です。
残念ながら日本語の翻訳ページでは割愛されている現状ですので英文をお読みください。
同時にFボタンについても意味合いを理解されるといいと思います。