私は最初からArmatureを組み立てていくのでRigifyを使用していません。
Rigifyを単なる人型のArmature Objectを生成するAddonだと勘違いしていました。
それであなたの質問された大きな矢印の意味がよく分かっていませんでした。

先程Rigify Addonを有効にして使ってみて、矢印の意味が分かりました。
Custom Shapeの事だったんですね・・・。

Rigify Addonでリグを生成すると最終レイヤにCustom Shapeに使用したMeshが纏められるようですね。
それを移動したと勘違いされたんだと思います。

Custom ShapeはBoneの普段見ている形状を別のMeshで作成した形状に見せるためのものです。
大きな矢印はBoneに矢印のMeshをCustom Shapeとして割り当てただけです。

Online Manualのリギングの章にArmature関係の説明があるので一読された方がいいと思います。

Rigifyでは最初に人型のArmature Objectを追加します。
これは後に生成するRigの鋳型でRigをGenerateすると不要になります。
で、実際にはこの生成されたArmatureをArmature Modifierに使用することになります。

しかし、実際のところどのような構造になっているのかよく知っていないと扱うのは少々ハードルが高いような気がしますが・・・。
最初の質問でRig用のArmatureが既に無くなっていたと言う事ですので、改めてRigをGenerateし直さないと駄目なような気がします。