遅くなりましたが。
基本的には完全無欠猫さんが書かれているように、基本データがそうなっているのでどうしようもないのですが、ここではアドオンの一つ、「Motion Capture Tools」を使用してアニメーションデータを移行してみます（ただし完全ではありません）。

●ポーズのデフォルト状態への適用
　まず、使用する BVH ファイルを読み込み、自分が編集しやすいフレームで止め、アーマチュアをコピーします。
　そしてコピーして作成した「新しいアーマチュア」で「ポーズモード(Pose Mode)」にし、ポーズ(Pose)メニュー（[Ctrl]＋[A]キー）→適用(Apply)→デフォルトのポーズに適用(Apply Pose as Rest Pose)で、現在のポーズをデフォルトのポーズとします。

　もしくは他の同様のデータでTポーズとして流用できるものがあればそれでもかまいません。その場合はそれを「新しいアーマチュア」としてアペンド「ファイル(File)メニュー→アペンド(Append)」し、次の手順に移ってください。

●アニメーションデータの削除
　次に「新しいアーマチュア」のアニメーションデータ（アクション）を一度消します。
　ドープシートエディター(DopeSheet)にし、モードを「アクション(Action)にしてから、[×]ボタンをクリックし、このアーマチュアに現在アクションが割り当てられていない状態にします。

　そのままポーズモードでボーンを編集し、Tポーズにします。編集モードでしないのはボーンの長さが変わってしまうからです。
そしてある程度納得できる形になったら、再び「デフォルトのポーズに適用」を使用します。

　最後に「編集モード(Edit Mode)」で、完全に修正します。

●Motion Capture Toolsの使用
　Blender同梱のアドオンの「Motion Capture Tools」を使用できるようにします。
ユーザー設定(User Preferences)のアドオン(Addon)タブのアニメーション(Animation)カテゴリにある、「Motion Capture Tools」をONにします。

　すると、オブジェクト(Object)プロパティに「▼モーキャプツール(MoCap tools)」が現れるはずです。

●モーションデータのコピー
　オブジェクトモード(Object Mode)にし、[Shift]キーを押しながら「コピー元」→「先」の順に選択します。
　オブジェクト(Object)プロパティ→▼モーキャプツール(MoCap tools)→[Guess Hiearchy Mapping]を押します。
　すぐ下のコピー元（右側）ボーンがコピー先(左側)の同じ名前に対応するよう埋まっていれば OK です。なってなければ自分で変更することもできます。

　最後に[RETARGET!]ボタンを押します。結構時間がかかります。
　これで大抵はコピーできますが、修正が必要な物や、どうしようもないものもあります。

　とりあえず現時点ではこの辺で。リターゲット後の修正は後でもう少し研究してみます。