御返事ありがとうございます。

2.66a r55075:55077 で試してみたところ、同じ現象を確認でしました。

Modifier 、Constraint の影響を確かめるため、新規作成状態からボーンを追加して挙動を確認したところ、?新しく追加したボーン（ Z 軸＋方向（ Front View で上方向）向き）、そこから? Extrude で Z 軸＋方向に発生したボーンは、ポーズモードで G キー -> Z キーで Z 軸に限定した平行移動で、 Y 軸の値が変動していました。

? Extrude で X 軸＋方向（ Front View で右方向）に発生したボーンはポーズモードで同じように操作（ G -> Z ）したところ、Z 軸の値が変動していました。

?と?をプロパティ画面の Object, Armature などでプロパティを見比べてみましたが、ソレらしい違いが見当たりませんでした。

他に不明な部分があったらご指摘お願いします。