随分前の投稿なので既に解決されている事と思いますが、私も最近悩みまくった事があるので
後進の方の参考になればと思い、記載させて頂きます。
使用Ｖｅｒ：2.49ｂ、2.53ｂ

最初、ポージングのためにエンベロープを使ったり、そのうちウェイトペイントを使ったりとしている際に
ボーン設定がおかしくなったままの状態で作業をしていることがあります。
ボーンの変形設定で、頂点グループのみとかエンベロープと併用とか。
また各ボーンにはマルチ設定というのがあります。
変形とマルチの設定が残ったままのボーンがあると、全体としては頂点グループで操作している場合でも
そのボーンにはエンベロープの影響が出ます。
その性で、頂点グループの設定は正しいのに思いもよらない変形結果になることがあります。
蛇足ですが、ボーンを追加していく時にはＲＯＬＬ値も気をつけたほうがいいです。
親子関係にあるボーンなどを作る際には、気を付けましょう。
ボーンが気づかない間にＲＯＬＬしていて、ポージングすると変に引きつったようになる事などあります。
ＲＯＬＬを修正すると、思いもよらず綺麗にポージングできることも。

少ない経験での参考意見として、見て頂ければと思います。
先輩方でここの表現はおかしいよというところがあれば、修正をお願い致します。