人型のモデルを作成し、体の部分にボーンを割り当ててオブジェクト(手とか足とか指まで)に
ウエイトペイントでウエイトを割り当てて一旦モデルをセーブしました。

そして次に、顔の表情をボーンで動かそうと顔の各部位（口とか目）にボーンを配置し今度は
メッシュ単位でウエイトを割り当てました。

ところが、この段階で手とか足とかを動かしてみるとウエイトペイントの位置がずれていてきれいに動きません。
特にひどいのが手の指で各３関節１０本のウエイトがまったく違うところにずれています。

どうしてなんでしょうか？
また、何か対策はあるのでしょうか？

※前使っていたソフト（Animation Master)ではファイルを上書きするとモデルデータが壊れることがありましたが、
Blenderでも同じなのでしょうか？