こんにちは

いくつか確認を
#特にバグならバージョンに依存します
・使っているバージョンは何ですか？（2.49b? 2.5系? OS種類等）
・保存しただけで、読み直しはしていないということですか？
・ペイント時にはちゃんと塗れていて、ボーン設定時にずれていたということですか？　
　・ちゃんと塗れていたのであれば、それはどうやって確認したものですか？
・「まったく違うところ」に規則性はないでしょうか？

あと、これは使い方の問題(2.49b)なのですが。
特に設定しない限り、ウェイトペイントはオブジェクト全体に作用します、頂点グループで制限などはしていましたか？
#ブラシの範囲で勝手に塗られているということはないでしょうか？

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