実はアップされたサンプルは試してないのですが、CD Actuator は直される気配がない(そもそも開発者自体が、誰か使ってるのか？と聞くほど)のと、マルチプラットフォームに対応しているかどうかすらわからないで、個人的にはやはりPygameを利用してoggなどを鳴らす方法を推奨します。

おそらくclafさんはこちらのページを参考にされていると思います。確かに問題点のひとつに、blendファイルのダブルクリックによる起動でないと（blender から Open させると）ライブラリを読みに行かないという制約はありますが、もし、Windowsしか対応させる気がないのなら、.exeで配布(Static Runtime)すれば問題なさそうです。

複数のblendファイルを[Start new game]で使用される、ということですが、なんとか外部のデータへのリンク([Shift]＋[F1]で[Link]をONに選択)したり、Sceneを複数切り替えて使用するなどで構造を作り変えることはできないでしょうか？

＃そういえばYo! Frankieは普通にWAVで使用できているんだよなぁ…。
＃ときどき音声がならないのをみると、最大数チェックして最大数以上になると音声を出さないようにしてるっぽいけど。