どなたかご存知であればご教示頂ければ有難いのですが・・・

2.49bでmathutilsのmatrixを生成した結果と2.69で生成した結果が異なっているのですが理由をご存知の方はいますか?
単なる仕様の違いというのであれば、それはそれで構いません。

例えば2.49bで次のように生成したMatrix
Mathutils.Quaternion(Mathutils.Vector(1,1,1),math.degrees(1)).toMatrix()

2.69で次のように生成したMatrix
Quaternion(Vector((1,1,1)),1).to_matrix()

同じマトリックスだと思っていたのですが異なっています。

2.49bでは以下のような構成とした場合
A1 A2 A3
B1 B2 B3
C1 C2 C3

2.69では以下のようになっていました。
A1 A3 A2
B3 B2 B1
C2 C1 C3

行列内容を確認するコードで下記のページの変更点は考慮されていますか？
http://wiki.blender.org/index.php/User:TrumanBlending/Matrix_Indexing

いやぁ〜、いい資料を教えて頂いて有難いです。
この辺りの頃は全然見てなくて気付いていませんでした。

でも要素の展開が異なっているようなので、その辺りでもう少し調べてみます。

この質問をするに辺り直面していた問題は解決したので別の問題としてもう少し調べてみます。

Ogre3Dという仕様を最近知ったのですが(これ自体は随分前からあるようですが・・・)
それで出力された.skeletonファイルからアニメーションデータを抽出してBlenderにimportするimporterが2.49b用で前にあったようで
それを2.5x用に誰かが書き換えたのを見つけたんです。
でも2.69.1で動作しないので改造していたんです・・・。

結果アニメーションデータを2.69.1でimportすることには成功しました。
2.49b用のimporterも動作するんですが処理が遅すぎるので・・・
800フレームぐらいのデータをimportするのに2.49b用だと数時間・・・。
おいそれとあれもこれもとimport出来るレベルではなく・・・。

で、今回改造を始めることに・・・
改造したものだと2.69.1で数分でimport出来るようになりました。

すいません、誤解の生じるような書き様だったので修正・・。
処理速度が向上したのは改造による結果ではありません。
元々2.5x系用のimpoterにはアニメーションデータを取り込む処理は含まれていませんでした。
しかしMesh,Armatureなどの取り込み速度が明らかに2.49用に書かれた別のimpoterより速かったんです。
2.49用に書かれたimpoterにはアニメーションデータを取り込む機能がありました。
そこで2.5x系のimpoterにアニメーションデータの取り込み機能を追加したということです。