バージョンアップしてからKnifeToolの挙動がおかしい気がするのですが仕様が変わったとかあるのでしょうか？
具体的には新しくカットしたい場所をクリックすると最初の点と2点目の延長上にも勝手にポイントが追加され分割されます。
2.68aまではクリックした箇所のみにポイントが追加されていただのですが・・・
こちらの環境のせいなのか皆さんがそうなのかわからないので、ここで質問させて頂きました。
宜しくお願い致します。

Knifeツールについては度々修正がされています。
2.69RC1直前の10/4〜11/9までに11件の修正が加えられています。

使用されているリビジョンが書かれていないので列挙しておきます。
このツールに関しては今使用しているバージョンでの挙動を正とするのがいいかと思います。
明らかにバグと言えるものは別ですが・・・。

r61204: knife tool: Remove unused 'extend' variable
r61203: knife tool: Clean up line hits when starting a new cut
　　　　 Fixes intersection points of the previous cut still being drawn when
　　　　 starting a new cut.
r61166: Fix knife bug exposed by valgrind.
　　　　 Was reading cage coordinate from those of existing
　　　　 BMVerts even for newly created verts that don't
　　　　 have cage coordinates there.
r61144: Rewrote a lot of knife tool. Now allows cut-through
　　　　 to make new vertices in the middle of faces.
　　　　 This also fixes knife bugs:
　　　　 #36678, #35945, #35943, #35387, #35045, #35002.
r61045: Add 'cut-through' option for Knife Project operator.
　　　　 If enabled, it makes knife project act as the
　　　　 cut-through (Shift-K) version of knife.
　　　　 This option will soon be more useful when a better
　　　　 cut-though Knife change is submitted, allowing
　　　　 this to work for cuts within faces in addition
　　　　 to cuts across them.
r61016: remove return argument from wmOperatorType->cancel, was only ever returning OPERATOR_CANCELLED.
r60988: Fix #37152: Knife tool doesn't work properly with Maya preset (Zooming and Panning)
r60954: rename BM_vert_at_index -> BM_vert_at_index_find (since this searches the mempool).
　　　　 needed for other changes - coming.
r60720: code cleanup: utility function for getting a bool as a string.
r60670: add MEM_SIZE_OPTIMAL to avoid memory fragmentation & waste lost to slop-space.
r60544: fix for lasso selection (in non-zbuf mode) when the line intersected its self.
　　　　 isect_point_poly_v2() - add argument to check overlapping areas.

ご報告ありがとうございます。ただ、
引用：それが他の線との交点であれば正しい挙動ですね、としかいいようが…。
そうでないならスクリーンショットなどがないとわからないですね。
もしくは簡単に再現できる手順を示してください。

簡単な画像を準備しました。
１：ナイフツールで最初の1点目(a)を選択
２：2点目(b)を選択中（未確定）
３：2点目(b)の位置を確定（LMB）
４：Enterで確定

まず、「３」の時点で1点目と2点目で選択した場所以外にもポイントが発生予定になります。
さらに確定すると目的のa-b間以外にエッジが作成されます。
2.68aまでの挙動ではa-b間のみにエッジが出来ていました。

ちなみに使用しているBlenderですが公式からダウンロード出来るもので
r60995 となっています。

１→２の時点で分割点の上側で左クリック、２→３では左下で左クリックしている状態で、
３の時点で右上に出ている分割点が異常な部分だということですね。

ただ、こちらで何度か試してみているのですが、一向に再現できません
（Windows 8 Pro 64ビット、Geforce GTX660、ドライバは327.32）。
r60995(2.69公式)、r61078の両方で検証しています。
3Dビューのヘッダのオプションなどはすべてオフになっているんですよね？　うーん…

使用されているOSが不明ですがリビジョン60995は古いです・・・。
公式サイトのデイリービルドで最新版を入手されてはどうですか?

ちなみにWindows XP/SP3 Blender 2.69.2 r61239では報告された現象は発生しませんでした。
直近でもナイフツールに関する修正はされています。

ご指示頂き有難うございます。
ちなみに使用しているOSはWindows7 64bitです。

恥ずかしながら、デイリービルドの存在を知りませんでした・・・
早速、r61240をダウンロードしたところ正常に動作する事が確認出来ました。

回答頂いた皆様、有難うございました。