どなたかご存知であればご教示頂ければ有難いのですが・・・

2.49bでmathutilsのmatrixを生成した結果と2.69で生成した結果が異なっているのですが理由をご存知の方はいますか?
単なる仕様の違いというのであれば、それはそれで構いません。

例えば2.49bで次のように生成したMatrix
Mathutils.Quaternion(Mathutils.Vector(1,1,1),math.degrees(1)).toMatrix()

2.69で次のように生成したMatrix
Quaternion(Vector((1,1,1)),1).to_matrix()

同じマトリックスだと思っていたのですが異なっています。

2.49bでは以下のような構成とした場合
A1 A2 A3
B1 B2 B3
C1 C2 C3

2.69では以下のようになっていました。
A1 A3 A2
B3 B2 B1
C2 C1 C3