いつもお世話になっています。
人物のモデルを作っています。(バージョンは2.49a）
ここで、モデルのボディは新規に作って、髪の毛とか目・まつげなどは前に作ったモデルからリンク(Append Or Link)で持ってきて流用しています。
この際にボーンを設定しモデルを動かすと変な動きをします。(添付参照）

※髪の毛が逆立ったり・目の位置・まつげがずれる

この現象に対しての解決法とかあれば教えてください

まずお断りしておきますが、2.49aは使った事ないです・・・2.49bは少し使った事があります。
2.4xだとファイルメニューのライブラリからオブジェクトを持ってくると思いますが、この時にArmatureを指定しなくても
オブジェクトとArmatureが繋がったものだと自動でArmatureが持ってこられてませんか?
現象の起こっているファイルが添付されていないので確かめられませんが・・・
2.49bでArmatureとParentされたオブジェクトをAppend or Linkで持ってくるとArmatureが自動でついて来てたので
同じなのかなぁ・・・・と
2.5xでしか最近いじってないので・・・違うかもしれませんが
長い間誰からも返事がないようなので・・・取っ掛かりにでもなればと返信しました。

ご指摘ありがとうございます。
>オブジェクトとArmatureが繋がったものだと自動でArmatureが持ってこられてませんか?
確かにこんな↑感じです。
あるひとつのObject の link and material を見ると元となったモデルのvertex group　がついていたりします。
この場合、使っていないvertex group を消したりすると変な動きがなくなるモデルもありますが、まったく変わらないモデルもあります。
Apend or linkでもってきた（？）Armatureを外す方法などないのでしょうか？

PS
>2.5xでしか最近いじってないので・・・
私事で申し訳ありませんが・・最近ＰＣを新しくしてこの機に　2.57をインストールしたところ上記2.49aで作ったモデルが正しく読み込まれなかったのです　つ_；）
何か2.4と2.5は相性が悪そうな・・・・

2.49bで試した時にはArmatureが元にしたファイルで設定していたLayerにあったので
それをまるごと削除したらArmatureとのParent関係は解消されましたが・・・

Proxyという方法があります。
↓がこのサイトのproxy objectに関するリリースノートです。
Proxy Object

2.4xのファイルが読めないと言う事ですが、Blenderは使用しているライブラリのデータを
吐き出しているようなので、実装されている機能の一部が削除されたり追加されたりして
内部的なインデックスがずれていると読めなくなる事はありましたね・・・
他にも要因はあるんでしょうが・・・
そんな時はライブラリ　Append or Linkで参照するしかないでしょうね・・
(力技としてはソースからビルドしてデバッグして原因を突き止める・・・私はもっぱらこれです・・・)