まずお断りしておきますが、2.49aは使った事ないです・・・2.49bは少し使った事があります。
2.4xだとファイルメニューのライブラリからオブジェクトを持ってくると思いますが、この時にArmatureを指定しなくても
オブジェクトとArmatureが繋がったものだと自動でArmatureが持ってこられてませんか?
現象の起こっているファイルが添付されていないので確かめられませんが・・・
2.49bでArmatureとParentされたオブジェクトをAppend or Linkで持ってくるとArmatureが自動でついて来てたので
同じなのかなぁ・・・・と
2.5xでしか最近いじってないので・・・違うかもしれませんが
長い間誰からも返事がないようなので・・・取っ掛かりにでもなればと返信しました。