2.49bで試した時にはArmatureが元にしたファイルで設定していたLayerにあったので
それをまるごと削除したらArmatureとのParent関係は解消されましたが・・・

Proxyという方法があります。
↓がこのサイトのproxy objectに関するリリースノートです。
Proxy Object

2.4xのファイルが読めないと言う事ですが、Blenderは使用しているライブラリのデータを
吐き出しているようなので、実装されている機能の一部が削除されたり追加されたりして
内部的なインデックスがずれていると読めなくなる事はありましたね・・・
他にも要因はあるんでしょうが・・・
そんな時はライブラリ　Append or Linkで参照するしかないでしょうね・・
(力技としてはソースからビルドしてデバッグして原因を突き止める・・・私はもっぱらこれです・・・)