はじめまして、さやといいます。
調べても出てこなかったので質問させてください。

レンダーレイヤを使ってみたいと思い、
二つのオブジェクトを別々のシーンレイヤーに分けました。
その後レンダーレイヤも二つ作り、
それぞれのシーンレイヤを一つずつ表示するように設定しました。

レンダーレイヤは二つともチェックボックスをオンにして
レンダリングされるようにしたつもりなのですが、
アクティブになっているレンダーレイヤのオブジェクトだけが
レンダリングの画面に出ます。

そのときレンダリング後の画面をクリックすると
表示されていたオブジェクトが消え、
代わりにそれまで表示されていなかった
アクティブでないレイヤーのオブジェクトが出てきます。
（これはならない時もあるのですが、どんな違いがあるのかは分かりませんでした）

バージョンはblender2.49、OSはwindowsXPです。

どうしたら二つのオブジェクトを表示させることができるのでしょうか？
分かる方がいらっしゃいましたら教えてください。よろしくお願いいたします。

レイヤーと言ってもそのままでは合成されません。
分けたレイヤーを合成するにはノード(一番効率はいい？)を使うか、
レンダーレイヤのチェックをどちらかにして、アルファ付きでそれぞれ書き出して画像ソフトなどで合成するかだと思います。

レンダーレイヤのチェックが入っていると、チェックされてるレイヤーが同時にレンダリングされるますが、あくまで各レイヤーごとのためにそのような症状になるんだと思います。

レンダーレイヤーを分ける必要性として
・それぞれのオブジェクトの色などをあとで直したい
・影だけ受けたオブジェクトを出したい、
・オブジェクト間に外部素材を合成するためそれぞれの素材に分けたい
・レンダリングの処理を軽くする
・ある要素だけでレンダリングしたい、要素に分けたい
などなど･･･かな？自分もまだ使いこなせてないけど(笑）

今レンダリングを軽くするたとかで、レイヤーを分けてるんならもう一つ最終書き出し用のレイヤーを作れば良いと思います。

返信ありがとうございます。
ノード使わないと駄目だったんですね。

後から調べたら、ここに書いてありましたね。
http://f11.aaa.livedoor.jp/~hige/index.php?%5B%5BRender_Layers%A5%D1%A5%CD%A5%EB%5D%5D
しっかり探したつもりでしたが、
真っ先に見なきゃいけないサイトにあったとは…申し訳ないです。

どちらにしろ自力では意味が分からなかったと思うので、
分かりやすく教えていただいて本当に嬉しいです。

どうもありがとうございました！

教えていただいた通りやってみたところ、うまくいきました！
ありがとうございます。