レイヤーと言ってもそのままでは合成されません。
分けたレイヤーを合成するにはノード(一番効率はいい？)を使うか、
レンダーレイヤのチェックをどちらかにして、アルファ付きでそれぞれ書き出して画像ソフトなどで合成するかだと思います。

レンダーレイヤのチェックが入っていると、チェックされてるレイヤーが同時にレンダリングされるますが、あくまで各レイヤーごとのためにそのような症状になるんだと思います。

レンダーレイヤーを分ける必要性として
・それぞれのオブジェクトの色などをあとで直したい
・影だけ受けたオブジェクトを出したい、
・オブジェクト間に外部素材を合成するためそれぞれの素材に分けたい
・レンダリングの処理を軽くする
・ある要素だけでレンダリングしたい、要素に分けたい
などなど･･･かな？自分もまだ使いこなせてないけど(笑）

今レンダリングを軽くするたとかで、レイヤーを分けてるんならもう一つ最終書き出し用のレイヤーを作れば良いと思います。