あなたの書かれている意味が一部私には理解出来ていないので、手順を書くことにします。

Suzanneを生成したのが左側、そしてImage Editorを右側に開いています。

Suzanneを選択して、ダイレクトにTexture Paintを選択したところです。

Texture PaintでAdd simple UVsをクリックしたところです。
この時にTexture Paint独自のUVマッピングがされます(UV Unwrapのどの選択形式とも異なる。Texture Painting)
右側にUV展開された結果が出ています。

Add Paint SlotでDiffuse colorを選択したところです。

右側のImage Editorで生成されたDiffuse ColorのImageを選択したところです。

Texture Paint画面からEdit modeに切替えたところです。
この状態で右側のImage EditorでFace/Edge/Vertexを選択して移動/回転/拡大・縮小をすればUVを編集可能です。
ここでEdit modeであなたが書いているSmart UV ProjectでUV展開すると次のようになります。

先程のUV展開の結果と異なっているのが分かると思います。
Smart UV ProjectでUV展開せずにTexture Paintで描画してからUV展開すれば描画していた時とは異なる場所に描画結果が反映されます。

Smart UV ProjectでUV展開した後にTexture Paint画面に移ってから描画しているところです。
描画する前にErase Alphaでアルファチャネルを消してから描画しています。
最初にImageが生成された時には全ての領域にアルファチャネルが設定されているので描画した部分以外の所が透けません。

3DViewのViewport ShadingがSolidなので、ShadingオプションのTextured SolidをONにしてTextureを強制的に描画しています。
なので、透けるはずの部分が黒く描画されています。
左上の画面はレンダリング結果です。
描画したとおりに表示されています。

BlenderでUV展開を編集する際には、このようにMeshをEdit modeにして、UV展開されたImageをImage Editorで開いて、Image Editorに展開されているMeshデータを編集します。

これはこの説明に使用したBlendファイルです。
:download:untitled.blend

- 追記 -
個々のUVマッピングの種類については、ここを一読した方がいいです。
UV Mapping a Mesh
基本的にMesh毎に決められた方法があるわけではありません。
用途に合わせて決めればいいと思います。

- 追記2　-
たぶん、これも書いた方がいいと思うので書いておきます。
ダイレクトにTexture PaintでMeshにTextureを生成した場合、最初の場合には3DViewでTextureが表示可能になっていても表示されないと思います。
Materialは複数のTextureを扱う事が出来るのでデータとして生成したTextureは設定されます。
しかし、Meshにその生成された画像を改めて割り付けません。
データとしては生成されているがMeshには割り付けられていないという状態になります。
これも完全には言い現せてはいないのですが・・・。
何もTextureの割り当てられていない新規のMeshにTexture PaintでImageを生成します。
この時生成されたMaterialには生成された画像がTextureとして登録されています。
次にImage Editor画面を開いた状態で、3DView画面でそのMeshを選択してEdit modeに移行するとImage Editor画面にUVが展開されていますが割り当てられたImageが表示されていないと思います。
この状態が今の状態です。UVマッピングされた所に画像がないので、それが表示されない。
では、どうすればいいかと言うと、この状態でImage Editor画面で画像を開いて(選択)、MeshをEdit modeからObject modeに戻せばいい(Edit modeから抜けると同意)
これで、その画像が割り当てられた事になります。