通常Joinしても双方に設定されていたUV情報は消えないと思いますよ。
:download:untitled.blend
試しにこのファイルで2つのCubeをJoinして見てください。
双方のUVは残っているはずです。
あなたが使用しているデータを見ていないのでどのようになっているかは分からないのでこれ以上言える事はないと思いますが・・・。
添付ファイルの各Objectの設定とあなたが使用しているデータの設定がどこか違うようであれば調べてみればいいかな?

version 2.75 (sub 2), branch b'master', commit date b'2015-07-10' b'22:04', hash b'909fa34', b'Release'
画像ファイルをPackしてなかった・・・更新しました。