あなたの望んでいるものかどうかは分かりませんが、このようなことも出来るという程度で見てください。
添付したファイルには２種類のBlendファイルが入っています。
BaseCube.blend:ShapeKeyを含んだCubeがある。
CubeProxy.blend:BaseCube.blendのCubeをLinkしたCubeが4つある。

CubeProxyには名前がOther1、Other2のCubeがあります。
それぞれのShapeKeyの値を変更すると、別のProxy指定されたCubeも変化します。

作り方は次の通りです。
1.BaseCube.blendからCube ObjectをLinkする。
2.LinkしたCubeのProxyを作成する。
3.更にBaseCube.blendからCube ObjectをLinkする。
4.このCubeもProxyを作成する。
5.最初のCubeをlocal化する。
6.この時点でLocal化したCubeのShapekeyを変更できる。値を変更するともう一方も変化する。
7.上記の1-5を繰り返す。
8.後からLocal化したCubeのShapeKeyの値を変更すると後からProxyを作成した2つのCubeのみ変化する。
これでLocal化した2つのCubeのShapeKeyを変更するだけで4つのCubeが変化する。

説明だと分かり難いので動かすと分かると思います。
ちなみにBlender 2.68aで確認しています。
:download:BaseCube.7z

ShapeKeyの値を変化させる必要が無いのであればProxy化した時にShapeKeyをPinで固定すればLocal化しなくても個別に指定したShapeにすることは可能です。
こちらのサンプルも付けておきます。
:download:OnlyProxy.7z

Proxy化は既存のShapeKeyを壊さずに別途新しいShapeKeyを追加するのに使えます。

Blender 2.49bを使用している場合は挙動が異なります。
2.49bではLinkしたCubeをProxy化した時点で個別にShapeKeyを変化させることが出来ます。
また連動して形状が変化することもありません。
バージョンによって挙動が一致していないので・・・この版ではこう動作するとしか言えません。