結合の仕方
パーツを結合する際には、それぞれのパーツが重ならないように少し話して配置してから結合します。
そして、結合部に当たるVertexを個々に接続して離して配置したパーツを所定の位置に移動すればいいです。

個別パーツの作成について
私の場合パーツを別々に作る場合に注意している点をいくつか挙げます。
まず、パーツ同士を接続するVertexをいくつにするかを決めます。
これは質問にあるように後々接続するときに困らないためです。
ここで終わると答えになりませんね・・・

モデリングしているといろいろと処理をしていて視認出来ないVertexやEdgeなどが残る事があります。
これは処理のUndoなどで気づかない事が原因です。
そこで不自然なNormalが出ていないか、想定していないラインがないかなど意味不明な状態になったら疑わしいです。
そんな場合は全体を選択して重複しているVertexを削除して見ましょう。
またはFaceを形成していないVertexを選択、想定していないVertexなどがないかなど選択条件を指定して想定外のものがないことを確認します。
見つかればそれを削除します。

モデリングの方法は人それぞれなので、これが王道というのはないと思いますがYoutubeなどの動画サイトで
Blender modelingなどで検索するとモデリングをしているチュートリアルが多数あります。
それらの中から自分にあったものを見つけて、目を通して見るといいと思います。
モデリングのやり方を一定のものにしておけば同じ問題にぶつかることも減ると思います。

例えば　http://vimeo.com/3274651
この動画サイトだと顔、体、手の参考動画が揃ってます。
但し、大抵の動画は外国語です。
外国語はぺらぺらですというのであればいいのですが・・・そうでなければダウンロードしてわからないところを何度も見ないとわからないかも知れません。
作成している画面を録画されているので画面の中に情報があります。
操作している人はベテランの人ばかりですからショートカットを多用しています。