はじめまして！
Blender初めてようやく1年がたとうとしている僕が言うのもなんですが…

動画と静止画ではどこまでつめるかということが変わってくると思います。
僕の場合今は静止画を作成しているのでその方向で話を進めますが、ある程度BoneやClothで動かした後、目的のポーズのフレームでモデリングの修正をしてつきぬけを隠したりしています。
ちなみに僕の投稿した画像のモデルは服については基本的に重ね着はなるべく避けるようにしていますが、デザイン的に重ね着モデリングにしなければいけないところがあります。
一番重ね着している場所で
　全身モデル　→　上着　→　鎧　→　鎧上の布切れ
の4段階です。
この状態で単にBoneを動かしただけだといたるところが突き抜けています。


ということで理想は最小限の重ね着にするのが一番かと思います。また、服オブジェクトもすべてにClothをかけずにVertexGroupを利用してClothをかける部分とそうでない部分を分けるのも手ですね。Tシャツなんかの袖とかはこのやり方でやってます。

あとはつきぬけを抑えるために、人体モデルは細めに作って、服との空間を多めに開けるとか。とにかく僕の場合、それもですがその後のBoneWeightの設定が難しいですし、服の制御用のBoneも追加で必要かと思います。

その他の可能性としては、ShapeKeyを使って変形を制御するのも手です。ただ、ShapeKeyだとあらゆる変形に対してKeyの変形が使えるかというとそうでもなかったりするのであくまで補助的な利用にとどまるかと思います。