少し手間が増えて面倒な感じもするのですが、以下のような方法はどうでしょうか。
1.クロスシミュレーションを行うメッシュとレンダリングするメッシュを別にして、レンダリングするメッシュをアーマチュアで変形するようにします。
2.アーマチュアのボーンをIKコンストレインツなどでクロスシミュレーションのメッシュに連動させるようにします。
3.シミュレーションを実行し、それに合わせてレンダリング用のメッシュが動く状態にします。
4.IKコンストレインツをスクリプトでIPOアニメーションにベイクします。
5.IPOエディタやアクションエディタでループのつなぎ目の周辺のアニメーションを手作業で修正します。

以前、キャラクターの歩行モーションに合わせてスカートの動きをクロスシミュレーションするサンプルを作成しています。
動画の中では服を体が貫通した部分の修正を行っているだけですが、歩行モーションに合わせてスカートのアニメーションをループさせるようなこともできると思います。
animation_bake_constraints.pyのエラーについて