はじめまして。


シミュレーションは一方向であり、さらに最初と終わりを同じにするのは状況によっては非常に難易度が高くなります。


例えば安定している状態から一時的に何か力が加わり、再び安定するような場合だと簡単ですが、垂れ下がっている旗に風を当ててその後元にもどす、というものだと不確定要素が多すぎて元に戻るとは限らないでしょう。


結局のところ、シミュレーションによるアニメーションを途中までにし、その次のフレームから最後（最初）の形状まで頂点アニメーションで表現するしかないと思います。

具体的には以下のような感じです。
１）シミュレーションがついている Mesh オブジェクトをコピーし、別オブジェクトにする。
２）そのオブジェクトの最後から数フレーム前（例えば200フレームある場合、180フレームなど）での結果を Apply (モディファイア)して形状を適用する。
３）[I]キーで Mesh キーフレームを挿入。
４）最終フレームでそれをこのオブジェクトを最後（最初）のフレームの形状に編集し、同様にキーを打つ。これで頂点アニメーションが付く。
５）179フレームまで元オブジェクトのアニメーションを再生、180フレームから頂点アニメーションを付けたオブジェクトと入れ替えて200フレームまで再生する。

[09/09/22追記]
自分で読んでも良くわからない文章になっていたので書き直した。混乱させてしまってすみません。