遅くなってすみません。おっしゃっていたのはMeshデータオブジェクトのことだったんですね。それでもNMeshクラスにVertexGroupsに関するメソッドがありましたので、付いていると思っていました。(いいわけ)

> オブジェクトのObIpoは、一つのSceneにつきひとつしか持てないのでしょうか。
一つだけです。ただし、NLAWindowでキー単位での編集もできますし、もしくは、[Alt]+[D]のLinked Duplicateで増やしてカメラから見えないところにおくなどといったことも考えられます。

カットごとに違う動きをさせたいのでしたら、１カットごとにSceneを Link ObData で、同じMeshを共有する別のObjectを作成し、Ipoを別のものに割り当てるか、先ほどのLinked Duplicateで作成したコピーをMake Link→To Sceneし、同じSceneのものを消せばいいと思います。
はずしていたらすみません。