ちょっと色々端折って書いてしまったのでもう一度整理し直します。
まず最初の質問ですが、
引用：1はもう実現されていますが、通常のアーマチュア変形を行ったメッシュオブジェクトが2．の挙動を行うのは不可能なのです（ただし衝突判定だけはボーンに専用のオブジェクトをペアレントすることなどで可能）。

3を行うことはコンストレイントやスクリプトを駆使すればなんとかできるはずです。多分。

で、衝突判定用にオブジェクト群を剛体間接コンストレイントでジョイントして組み上げ、それを相互にフィードバックさせればいいんじゃないかと思った次第です。ただしメッシュ変形は上述の理由により、アーマチュアによる変形ではなく、ボーン⇔各オブジェクト間の姿勢のコピーなどで制御することになると思います。

剛体間接コンストレイントの作成チュートリアルについては、先に投稿したラグドール動画の1：13あたりを参照してみてください。後でサンプル上げられそうなら上げます。

ただ、スクリプトでアーマチュアのボーンを駆動するぐらいなら、直接これらのオブジェクト群を制御した方が早いような気もします。
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