久々の質問ですが、つい最近linux-Blenderにはまってまして、そこでですがファイルメニューを開くとなぜか日本語の部分だけ文字(四角い）化けしていることに
気づきました。
そこでUser PreferencesのSystemタブを開いて右下のIntemational　Fontsの所をチェックしてみましたが変りありません。
どこかチェックする所があるのでしょうか。

　　　　　　　Blenderバージョン　2.72仕様です。

ご質問が「日本語インターフェースにした際に日本語部分が四角く文字化けしており、これを解消したい」ということで回答します。

おそらくディストリビューションのパッケージからインストールされたBlenderだと思いますが、(内部で)国際化設定のフォントに日本語を表示できるものが選ばれてないためかと思います。

使用されているバージョン2.72とのことですので、使用するフォントファイルを指定して問題が解消できるかをご確認ください。
UserPreferencesのSystemタブ、International Fontsのチェックボックスの上にある、"Interface Font"に日本語を表示できるフォントファイルを選択してから、UIを日本語表示にする設定を再度実施してみてください。

または、blender.orgからLinux用バイナリをダウンロード、展開してそちらをご使用ください。

Linuxはディストリビューションとそのバージョンが違うと同じアプリでも違う挙動をすることがあります。それらの情報があれば回答の確率も上がりますので、できればご質問の際にそれらもご記載いただければありがたいかと。

まんださんの回答に対しての追加コメントで〜す。
心温まる回答ありがとうございます。

　　　Linuxディストリビューション＝Ubuntu　15.4 (最新版）

ディストリビューション及びバージョンの記載、ありがとうございます。
ところで、問題は解決したのでしょうか？私からの回答を確認して解決したかどうか、また新たに調べたこと、わかったことの記載があれば無用なやりとりをしなくていいのですが。

当方の環境で、Ubuntu日本語Remix15.04にてソフトウェアセンターからインストールしたBlender 2.72で日本語UIの設定で日本語部分が正常に表示されない(文字が豆腐になる)は確認できました。おそらく症状としては同じものかと思います。

なお、以下の手順で正常な日本語表示が確認できました。ご参考まで。
(1) File>User Preferencesを開き、System タブをクリック。
(2) Interface Font のフォルダアイコンをクリック。
(3) フォントファイルに /usr/fonts/truetype/fonts-japanese-gothic.ttf を指定。
(4) 日本語UI表示の設定。
(5) ユーザー設定の保存 ボタンをクリックしてユーザー設定を保存。