ご質問が「日本語インターフェースにした際に日本語部分が四角く文字化けしており、これを解消したい」ということで回答します。

おそらくディストリビューションのパッケージからインストールされたBlenderだと思いますが、(内部で)国際化設定のフォントに日本語を表示できるものが選ばれてないためかと思います。

使用されているバージョン2.72とのことですので、使用するフォントファイルを指定して問題が解消できるかをご確認ください。
UserPreferencesのSystemタブ、International Fontsのチェックボックスの上にある、"Interface Font"に日本語を表示できるフォントファイルを選択してから、UIを日本語表示にする設定を再度実施してみてください。

または、blender.orgからLinux用バイナリをダウンロード、展開してそちらをご使用ください。

Linuxはディストリビューションとそのバージョンが違うと同じアプリでも違う挙動をすることがあります。それらの情報があれば回答の確率も上がりますので、できればご質問の際にそれらもご記載いただければありがたいかと。