ディストリビューション及びバージョンの記載、ありがとうございます。
ところで、問題は解決したのでしょうか？私からの回答を確認して解決したかどうか、また新たに調べたこと、わかったことの記載があれば無用なやりとりをしなくていいのですが。

当方の環境で、Ubuntu日本語Remix15.04にてソフトウェアセンターからインストールしたBlender 2.72で日本語UIの設定で日本語部分が正常に表示されない(文字が豆腐になる)は確認できました。おそらく症状としては同じものかと思います。

なお、以下の手順で正常な日本語表示が確認できました。ご参考まで。
(1) File>User Preferencesを開き、System タブをクリック。
(2) Interface Font のフォルダアイコンをクリック。
(3) フォントファイルに /usr/fonts/truetype/fonts-japanese-gothic.ttf を指定。
(4) 日本語UI表示の設定。
(5) ユーザー設定の保存 ボタンをクリックしてユーザー設定を保存。