object_apply_def.pyを改変して、object_apply_def_with_key.pyというスクリプトを作りました。
Blender2.48a/2.49bで動作します。

通常Blenderでは、どのバージョンでも、Shapekey付きMeshにSubsurfModifierをApplyすることができませんが、
スクリプトから無理やりApplyさせることができます。

使い方は、object_apply_def(「Apply Deformation」)と同じで、
オブジェクトモードでオブジェクトを選択して、「objects」→「scripts」→「Apply Deformation with key」で使えます。

動作は、ほとんどobject_apply_defと同じなので、
boneによるデフォームなどを行っていた場合は、それらも適用されてしまうのでご注意ください。
:download:object_apply_def_with_key.zip