2.53ｂでＢＡＫＥファイルのない状態で新規にＢＡＫＥをするとエラーが発生して
Ｂｌｅｎｄｅｒが終了するのですが、エラーダイアログのまま放置しておくと
ＢＡＫＥファイルを吐き出しているようです。
設定した最終フレーム分のＢＡＫＥファイルが吐き出されたのを確認して
再度ＢＡＫＥすると今度は正常にシミュレートできました。

2.49ｂ、2.54ｂでは発生しませんでしたが2.53ｂ特有のバグなんでしょうか？

検証しやすいようにＤｏｍａｉｎ、Ｆｒｕｉｄオブジェクトの設定は
最小限しかしていません。
Ｄｏｍａｉｎ：ＢＡＫＥファイルの設定
Ｆｒｕｉｄ：Ｉｎｉｔｉａｌ　Ｖｅｌｏｃｉｔｙ、Ｅｘｐｏｒｔ Ａｎｉｍａｔｅｄ　Ｍｅｓｈ

本家のバグトラッカー見たけど見つからなかったので質問しました。

現時点ではまだ2.49bで使用されている機能がすべて完全に揃っているわけではありませんので、そういうことも十分ありうる、としかいえないですね。「ベータ版」って書いていますが、実質アルファみたいなものですし（汗
追々揃っていくと思いますので、とりあえず2.49bか使える新しいバージョン使って下さい。どれが完全かは誰も把握できてないんじゃないかと思います。

あと余談ですが、2.49bの末尾のbはベータを表しているわけではなく、単純に2.49→2.49a→2.49bとマイナーバグ修正されていることを意味しています。
非常にまぎわらしいのですが、これは2.5開発途中で命名規則が変更されている所為です。

2.5の命名規則では、2.52、2.53、2.54はすべてベータ扱いで、2.6が最終版となる予定です。本来は2.5.4とピリオドをさらにつけて表記すると決めていたようなのですが、もうBFでもグダグダになってますね…。

管理人さんお返事有難う御座います。
2.53bのリリース時点で全部入ってないよって言うのは言ってましたしね・・・
有難う御座いました。