2.53ｂでＢＡＫＥファイルのない状態で新規にＢＡＫＥをするとエラーが発生して
Ｂｌｅｎｄｅｒが終了するのですが、エラーダイアログのまま放置しておくと
ＢＡＫＥファイルを吐き出しているようです。
設定した最終フレーム分のＢＡＫＥファイルが吐き出されたのを確認して
再度ＢＡＫＥすると今度は正常にシミュレートできました。

2.49ｂ、2.54ｂでは発生しませんでしたが2.53ｂ特有のバグなんでしょうか？

検証しやすいようにＤｏｍａｉｎ、Ｆｒｕｉｄオブジェクトの設定は
最小限しかしていません。
Ｄｏｍａｉｎ：ＢＡＫＥファイルの設定
Ｆｒｕｉｄ：Ｉｎｉｔｉａｌ　Ｖｅｌｏｃｉｔｙ、Ｅｘｐｏｒｔ Ａｎｉｍａｔｅｄ　Ｍｅｓｈ

本家のバグトラッカー見たけど見つからなかったので質問しました。