添付ファイル拝見しました。
着々と製作されているようですね。

添付ファイルを見て、幾つか気付いた点があったので羅列させてもらいます。

1.Edit時にBoneのRollが正しく設定されていないように思います。
そのBoneがどれを基準にしているのかを認識して、Rollを初期化しておかないと意図しない挙動が発生します。
2.Boneの形状ですが、好みの部分もありますが調整する時にはデフォルトの八面体ではなく、B-BoneにするとRollの状態を把握しやすいと思います。
3.添付ファイルだとPole Angle゛180度逆になっているように思います。
4.私もリグはしますが、なるべくひとつのConstraintでいろいろしないようにしています。
今回のように膝を調整するような場合、私はIKのPole Angleを使用せずに、大腿骨に当たるBoneにTrackToのconstraintを適用しています。
理由は、Influenceを別に調整できるからです。ひとつでいろいろするとInfluenceが全てに適応されてしまいます。
5.BoneにRotationのLock設定が幾つかされているようですが、ジンバルロックが発生する可能性があると思います。
元々接続元との関係がある状態でロック設定をするのは、あまりよくないのではないでしょうか。
制限を加えるとしたら、制御側で工夫をした方がいいように感じました。

>edit時にx pos を揃えるとキレイになるのですが、脚の形状にきれいにフィットしないのでなるべくやりたくありません。
Armatureを作成する際は、Parent指定するオブジェクトの形状に沿って作成した方がいいと思います。
Parent指定する際は、全てのBoneの位置、角度をリセットした状態(Editで作成された時の状態)でするべきだと思いますので、書かれている意味が分かりかねます。

やり方はいろいろあると思いますので、そういうやり方もあるという程度に見てください。
言い様に失礼な点がもしあれば、お詫び致します。

投稿画像の「残り物ですが・・・」は、私のHPの記事で使用したアニメーションの1シーンをレンダリングしたものですが
そのアニメで使用しているRigでも、肘、膝の向きを示すConstaraintは別に割り当てています。
Meshがアニメーション中に破綻するのはたまにあるので、自由の高い制御点が必要な時があります。
まぁ、破綻しないようなオブジェクトを作れたら問題はないのでしょうが・・・
私には、まだまだ無理なようでして・・・