解決しましたので、共有のために書いておきます。

Blender2.6xからLuxrender使用時に「レンダー」のセッティングで[PNG][RGBA]を選んでもアルファチャンネルはつきません。
さらに「カメラ」のセッティングで、「integrated imaging workflow」にチェックを入れ、さらに同項目の[PNG][Enable alpha channel]にチェックを入れておかないと、背景が透明のいわゆる「アルファチャンネルつき画像」になりません。

追加情報です(2013/2/5)
現在Blender2.65 Luxrender1.1を使用していますが、先述の「integrated imaging workflow」が見当たらなくなりました。
Luxrenderを使用してアルファチャンネルつきPNGを出力するには、Luxrender Output Formatsにおいて、[PNG]=ON [Use 16bit PNG]=ON [Premultiply Alpha]=ON　[RGBA] にするといいようです。僕の場合には[Alpha Channel]もONにしてますが、これはTARGAとOpenEXRで有効になるようで、オフにした場合の検証はしていません。