Ver2.62 Rev.45551で確認しました。

Cubeを１個生成し、内部レンダーで描画。
レンダー画面をPNG形式のRGBAで保存。
GIMPで保存したファイルを開く。
アルファレイヤー付きの画像であることを確認しました。

LuxRenderは、Blenderのカスタムなので基本的にはLuxRenderのサイトで質問した方が的確な回答がもらえると思います。
また、LuxRenderを組み込む際に元になったBlenderのSVNによっては、内包するバグの可能性もありますが、上記の版では
正常に保存できているようです。

ここにも、LuxRender使いの方はいると思いますので、情報をお持ちの方がいればいいですね。