Unityはちゃんと使ったことはないですが・・・
Blendファイルとエクスポートしたfbxファイルを使用しているプロジェクトの
Assetsフォルダに入れれば認識されると思います。
この際にBlenderがファイル拡張子と紐づいていないと、Blenderが見つからないと警告されます。
(これはwindowsの場合でMacの場合はわかりませんが・・・)

Blender2.49bでやってみましたが、正しくArmatureとMeshは認識されていました。
Exportする際のパラメータもデフォルト?でいいと思います。
選択されたオブジェクトを選択していれば、Exportする前に全て選択状態にしておく必要はあると思います。

Unity公式ページのここ辺りに出ていました。

How do I import objects from my 3D app?