状況がよくわからないので、サンプルファイルを添付しました。
これでいいのかは私も自信はありませんが３種類のやり方をしたものです。

1.レイヤ３にあるのは半分の状態でヘアーを作成したものです。
2.レイヤ４にあるのはレイヤ３のものを複製してX軸ミラーしたものです。
3.レイヤ１１(下段左端)にあるのは半分の状態のオブジェクトで左右半分ずつのヘアーを作成したものです。
4.レイヤ１２にあるのは半分の状態のオブジェクトをミラーを適用して左右の揃ったオブジェクトに普通にヘアーを作成したものです。

上記の３番のやり方はお勧めはできないです。
２つ目のヘアー作成時にミラーモディファイアされる前のオリジナルのオブジェクトの部分にも子パーティクルが生成されるために
余分なヘアーが出来てしまいます。
たぶんですが、普通は上記の４番のやり方でミラーを適用したカツラ用オブジェクトでヘアーを作成すると思います。

それと私の場合はモディファイアは滅多にAPPLYはかけません。
APPLYすると変更が難しくなりますから・・・

:download:HairSample.blend