はじめまして。
私も以前、BVHインポートスクリプトが毎回アーマチュアを作成するのは不便だと感じて、スクリプトを調べて改造してみたことがあります。
かなり前のことなので、今ではどこをどう改造したのか完全に忘れてしまっているのですが、試してみたらとりあえず動作はするようでした。
もし、何かのお役に立つようでしたら試してみてください。

Blender2.49で動作します。Blender2.5では動きません。

使い方は、
1.Blender2.49付属のBVHインポートスクリプトを使用してアーマチュアを作成します。
2.Text Editorを開いて、このスクリプト"bvh_apply.py"を開き、Textメニューの"Run Python Script"でスクリプトを実行します。
3.通常のBVHインポートスクリプトと同じようにBVHファイルをインポートします。

いくつかのデータで試してみたところ、ときどきスクリプトエラーが出て失敗することがありました。
もしうまく動作しなかったらすみません。
:download:bvh_apply.zip