マテリアルノード＋UVでも似たことできますね。

ステンシルという単語の意味するところを私が分からないので、
質問からテクスチャのマスク合成と思って書いてます。
参考程度にどうぞ。

・UVマップは、１オブジェクトに複数作ることができる
・マテリアルノードのGeometoryでUVをINとして使える

ということで、、
UVマップを１つor２つ作って、テクスチャ１、テクスチャ２、
マスク用テクスチャ（AKIさんのサンプルだと頂点カラー相当）を
マテリアルノードで繋いでってのもできそうですよ。

UVマップ＋画像テクスチャを使う場合はGLSL表示でも反映されるので、厳密な結果以外はレンダで確認しなくて済む利点も得られるかと。
（私の気分の問題で、絵がそれなりに見えてないとやる気激減なだけです。）

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えぇ、単に手抜き人顔作ろうとUVレイヤー分けたからついでにやってみたらそれっぽくできたというだけです。