遅くなりましてすみません。
サンプル拝見しました。ここで問題を整理させていただくと、

1) 開始時の警告ダイアログが大量にでること。
2) 一番大きなMesh(Line?)がばらばらのObjectでインポートされること。
3) LWPOLYLINEとCIRCLEが実際には読み込めなていないこと。

の３点と思われますが、以前の投稿でpadosさんが書かれていた、

＞20041018から実用に耐えなくなりました。

というほど酷いとは個人的には思えないので、何か他にも問題があるように思えるのですがいかがでしょうか？ 当方は実際のpadosさんが遭遇されている状況がよくわからないので、これ以上は推測できません。もしなければ、この3つでBf-Commitersあたり(バグではなく仕様変更と思われますので)に投稿しようと思います。