質問の不備に対する質問を受けていながら長時間放置したことを心よりお詫び申し上げます。
すべてはこちらの確認ミスです。不快な思いをさせたのと同時に、同じ疑問を持った方に多大な迷惑をおかけしました。
これから先このようなミスの無いよう肝に銘じる所存です。

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>>要は物体Aに落ちている物体Bの半透明の影をベイクしたいということでしょうか？
その通りです。

質問の経緯をお話します。
ゲーム空間を作成するにあたって、大量に配置した照明効果を軽くするためにすべてのテクスチャにBakeで作成したテクスチャを割り当てようと考えました。

これだけなら良かったのですが、どうせ焼きこむならローポリのMAPとハイポリのMAPを作成し、実際使用するローポリのMAPに「照明効果を得たハイポリのMAP」を焼きこもうと試みました。
ここで問題になったのが「近くを通る別のオブジェクトの存在」でした。

というのも、ハイポリとローポリを用意したことからBiasが0では問題がありました。
Bake機能は法線方向にBias値伸ばした位置から両方向にDist分だけ伸びた部分（0だと制限なし）を参照し、一番違い点をサンプリングするものだと認識しております。
ローポリから見て一番近い点がハイポリの裏側などにぶつかってしまうため問題となったのです。（ハイポリの形状によりそれでOKの場合もありますが）

仕方なくBias値を大きくすると今度は近くにあった焼きこみたくないオブジェクトまでテクスチャに焼きこんでしまう現象が起きてしまったのです。
ノーマルマップのBakeなどはSelectToActiveにチェックを入れた場合、「複数の選択したオブジェクト＞最後に選んだオブジェクト」のようにして焼きこむオブジェクトに制限を作れました。
しかしFullRenderのBakeは選択の状態が無関係で「すべてのオブジェクト＞最後に選んだオブジェクト」と焼きこんでしまいます。（焼かれるオブジェクト単独で選択してもエラーになりません）

以上の点から近くの邪魔なものをどうにかしてBakeしない方法を模索することとなりました。（これが本来の質問内容です）
本当に消してしまうと後で追加するわけですから「影の矛盾」ができてしまいます。
邪魔なオブジェクトのあるふぁを１００％にしてハイポリのTraShadowをOFFにすればBakeはされずに影は取得できるのですが、ハイポリのTraShadowをONにしたいという現実があるのと、とこれでは邪魔なオブジェクトにアルファが含まれていると困ってしまいます。


いろいろ悩んだ挙句、Biasの設定を場所によって変える。変わる部分は別々のオブジェクトにいったん切り離し、BakeのClear機能をOFFにした状態で焼きこみを重ねていくことで対処する。という結論で自己解決させました。


あまりに長い質問だったために上記の質問を簡潔に要点だけまとめようと少ない頭で記述したところ要領の得ない質問をしてしまい申し訳けありませんでした。
自分の中では解決しているのですが、今後同じようなことで困る方もいらっしゃるかもしれないので、もし解決方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご回答よろしくお願いいたします。




最後に、返信が遅れたことをもう一度お詫び申し上げます。